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医学信息学系:昂首阔步,再现发展春天

发布时间:2020-03-15 16:14:34 作者:宁梓淯 来源:本站原创 浏览次数:

医学信息学系:昂首阔步,再现发展春天

宁梓淯


医学信息学系成立于2008年,经历10年的发展已经成为集教学、科研和管理于一体的职能教学单位。2019年,医学学信息学系昂首阔步,继续前行,再次迎来全面发展的又一个春天。

教学工作稳步前进

2018-2019学年,共计完成5810学时和45门课程的授课任务,人均学时为276.7学时。此外,积极开展融合教育,聘请1名企业教师,全程跟踪和辅导学生开展校企衔接式教育,着力提升学生的动手实践能力

在学科建设方面,医学信息学系于2018年启动教学计划修订工作。经过多轮讨论,结合市场具体情况和校内外专家意见,2019年7月正式提交教务处新版教学大纲。本轮教学大纲修订中,尤其重视实践应用能力培养和学生自主学习意识的培养,建立了专业课程群,交叉融合各门课程的知识要点。

在教学改革方面,医学信息学系紧紧抓住市场需求这个主题,结合就业市场调研和多年的办学经验,总结出信息管理和信息系统专业学生培养的重点是WEB开发,主要面向医疗信息化软件行业、各级医疗卫生单位信息科就业;医学信息工程专业学生主要面向医疗大数据挖掘和智能信息处理方向,能够在大数据统计、分析、处理行业内以数据分析师的身份就业。根据专业特色并结合医学信息学系的实际情况,明确专业主干课程和专业基础课程,特色鲜明地培养不同就业和学业方向的学生。此外,医学信息学系整合提出了教学方法改革的新方向“自我实现”式实践教学模式,在主干课程群中进行试点,优化实验课时和理论课时比例,增加设计性、综合性实验比例,关注学生自我分析问题、解决问题的能力,以实际实验项目着重培养学生和锻炼学生的主要专业技能。目前,学生在老师指导下已开发了多个网站。为让学生不负韶华,尽快进入科研状态,医学信息学系成立了科研兴趣小组,并积极鼓励学生加入,用实际问题锻炼学生创新实践能力,形成了“理论学习-科研实践-实习就业”无缝衔接的模式,使学生入学即实践,实践与就业接轨的模式。通过在校实践教学、科研创新实践和二课堂学习,以及校企合作等方式,使学生可以更快适应实习与工作环境;各种实际问题的解决能够增强学生的自信心和事业心,使学生自愿学习,主动从书本中获取更多有用知识。其中,2015级信息管理与信息系统张琳被保送到重庆大学硕博连读,2017级医学信息工程张艺萌获国家奖学金并作为优秀学子进行宣讲,2016级医学信息工程张诗雨获校十佳年度大学生,2015级信息管理与信息系统程爽爽收到复旦大学硕博连读预录取通知书,2016级医学信息工程本科蔚香会收到浙江大学硕士预录取通知书,12名本科生获得了国家励志奖学金。此外,通过阅读科学文献,强化了学生的英语水平,脱离了英语课本,真正在阅读中加以锻炼。截止目前,科研兴趣小组培训的本科生绝大部分都考取了医大本部、校区、汕头大学医学院等各级各类高校生物医学工程专业的研究生。

在亚博下载 方面,医学信息学系首届研究生于2019年顺利毕业,同年新增研究生6名,目前共有在读研究生11名。李春权教授经学术评议小组审核,符合博士研究生导师遴选条件。

为适应前沿科技发展趋势,对生物医学工程专业研究生的专业课授课内容进行调整,新增单细胞组学、深度学习等生物信息领域前沿内容。2019年医学信息学系研究生已发表第一作者SCI论文1篇,SCI影响因子>10分,发表在英国自然出版集团出版的《NUCLEIC ACIDS RESEARCH》(1篇,SCI影响因子= 11.56)。对外交流方面,研究生参与到与美国加州大学洛杉矶分校、新加坡国立大学林德晨教授课题组、汕头大学等的科研合作项目中,拓展个人科研能力。研究生赴哈尔滨(11人次)、北京(2人次)等地参加学术会议,拓展科研视野。有4名研究生同学获得1等奖学金,6名研究生同学获得2等奖学金,1名研究生同学获得4等奖学金。研究生作为项目负责人,在第十六届“挑战杯”黑龙江省大学生课外学术科技作品竞赛中荣获二等奖。

在教学研究方面,医学信息学系支持鼓励全系老师开展教研工作,共获得教学研究课题3项。同时,2019年获北京中科晶云科技有限公司、教育部产学合作协同育人项目共6项。此外,获得哈尔滨医科大学教学成果1项,2019年发表教学论文1篇、撰写教学论著《医学信息资源智能管理》一部,刘跃娟作为副主编编写人民卫生出版社国家卫生部计划生育委员会十三五规划教材《计算机应用基础》(第二版)1部。

在师资队伍建设方面,医学信息学系为提升本系教师课堂教学质量,特邀请校区首席督导高广信来系内开展了有关教学理念和课堂教学质量评价体系的讲座;号召全体教师以叶青芳老师的教案为标准教案进行新一轮修改,尽量体现自己的特色与教学设计;多次召开各层次教师的座谈会,探讨课堂教学、了解青年教师需求。积极探索如何帮助青年教师提高授课质量,与青年教师研究线上线下课堂结合的方法。同时,医学信息学系非常重视校本部老师来系内授课和交流,邀请哈尔滨医科大学生物信息学院王鹏副教授、王书元副教授到系内为学生讲授《PYTHON程序设计》《高通量测序技术》共计8学时。

在创新创业工作方面,2019年医学信息学系大学生创新创业工作在原有竞赛、项目申报的基础上不断丰富创新创业内涵,形成了一系列具有专业特色的活动,取得了良好的教学效果。

2019年,医学信息学系师生突出生物信息、医学信息的专业特色继续加强对外合作,与中科晶云、黑龙江大学计算机学院马吉权教授等开展一系列创新创业合作。2019年8月和11月黑龙江大学计算机学院马吉权教授先后2次来校与医学信息学系的师生开展学术交流。马吉权教授以深度学习算法的研究进展为信息的学生作精彩讲座,同时指派2位黑龙江大学的硕士研究生来到医学信息学系在李春权教授指导下开展深度学习相关研究。2019年9月,中科院计算所生物信息研究组研究员、中科信息产业研究院精准医学研究所所长、中科晶云创始人赵屹博士来到校区开展交流。赵屹博士为校区师生作生物信息与临床研究、基础研究相结合的学术讲座。双方就进一步加强合作,达成了一致的共识。2019年10月,在赵屹博士的组织下,李春权教授带领医学信息专业研究生和老师在北京面向研究生和临床医生开展了《单细胞生物信息分析及文章进阶培训班》单细胞测序相关培训,培训效果获得学员的认可,扩大了学校的知名度。

2019年,医学信息学系师生开展的创新创业活动取得了很好的成绩,包括第五届互联网+大赛省级三等奖1项,挑战杯省级二等奖1项,首届大学生电商商品数字化创意大赛创意奖1项,共享杯、大学生创新创业训练项目申报3项,其中省级奖项2项,国家级奖项1项。还发表了国家级论文2篇。此外,2017级医学信息工程本科生学生张艺萌作为法人注册企业黑龙江省云生信息技术有限公司,并已经实现盈利。

医学信息双创团队服务教学和科研,对哈尔滨医科大学(大庆)官网站群进行升级,开发了2019级学号查询系统,开发了KNOCKTF(已发表)、ENDB(已发表)、TRLNC(投稿中)、CATA(投稿中)等科研网站。

科研工作更上一层楼

2019年度,医学信息学系发表第一作者或通讯作者SCI论文6篇,分别发表在英国自然出版集团出版的自然系列子刊《NUCLEIC ACIDS RESEARCH》、英国牛津大学出版《BRIEFING IN BIOINFORMATICS》和英国皇家化学学会出版社《MOLECULAR OMICS》、美国威利布莱克威尔出版社《MOLECULAR ONCOLOGY》杂志上。影响因子分别为11.561(3篇),9.101,2.855,5.962。值得注意的是,2019年我系共完成3篇影响因子超过10分的文章。2019年累计SCI影响因子超过50分。

2019年,医学信息学系科研立项总共2项,获批总经费13万元。其中包含黑龙江省自然优秀青年项目1项,10万元;校级课题1项,3万元。5名教师积极申请2020年的国家自然科学基金项目,截至目前,所有人已完成标书初稿的撰写。

在科研团队建设方面,医学信息学系生物信息学科研团队于2018年11月完成相关学科建设,学科名称生物医学工程,学科带头人李春权教授。目前,该团队从事科研的教师总人数15人,在读研究生11人,开展了超级增强子、复杂疾病代谢、信号子通路识别、全基因组生物学通路网络分析数据库及软件平台开发、深度学习等方面的研究。在超级增强子功能研究中获得科研突破,并在癌症、心血管等疾病的代谢通路功能注释、识别方向的科研取得稳定提升。2019年,系科研团队开展了转录因子调控、LNCRNA注释、DNA甲基化、组蛋白修饰、超级增强子、SNP突变等多方面的研究。教师带领学生进行生物信息、医学信息、WEB开发等研究;每周举行文献抄读活动常规活动3次;此外也在周末定期对教师、研究生等科研人员展开以数据库平台搭建和文章写作、R语言GGPLOT画图、机器学习算法等为主题的培训。

在科研实验室建设方面,为适应科研高速发展对机器学习设备的需求,医学信息学系科研实验室今年向学校申请了GPU服务器,价值8万,已获批。该实验室功能包括为研究生及教师提供合适的科研场所;为学校各院系提供医学研究相关的数据存储、分析、计算、咨询服务;成为计算生物学相关内容的校企合作产业孵化基地;生物数据库平台的开发、发布工作站;医学信息相关的机器学习、深度学习研究实验室。该实验室目前已经拥有相关软硬件设备以及128T的普通硬盘存储、图形工作站1台、瞬索XML数据搜索引擎、对海量生物医学数据可以进行实时搜索与融合的高性能多核工作站数台。

在校外交流合作方面,为拓展本学科老师与学生视野,提高对本学科应用价值的认识,促进技术交流,提升课题组老师与学生的科研水平,系生物信息学科研团队积极展开了与校外科研团队的交流合作系列活动。在科研处的配合下,课题组今年特邀中国科学院计算技术研究所前瞻研究中心研究员、博士生(后)导师,北京中医药大学中医学院副院长、博士生(后)导师,中科信息产业研究院精准医学研究所所长,中科晶云董事长/CEO,测序中国董事长赵屹来校开展“组学大数据的研究及应用”讲座。此外,今年课题组先后派出多名老师与研究生前往北京中科院计算所交流讨论单细胞测序技术。

教育不是空中楼阁,更不是海市蜃楼。它是铸就人才的繁育场,培养未来之花的园地。医学信息学系正争分夺秒地传道受业解惑,一点一点地夯实基础,努力培养出更多的理论素质过硬、科研和实际操作能力强的创新型人才。

编辑:吴 杰

刘 冲

校对:孙晓阳

责任编辑:罗树新


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